如果醫療機構在未經許可的情況下進行非法微整形手術，造成嚴重后果，那么他們可能會被判刑。根據我國《刑法》的規定，未獲得醫生執業資格的人進行非法行醫，如果情節嚴重，可能被判三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并處罰金；如果嚴重損害了患者的身體健康，可能被判三年以上十年以下有期徒刑，并處罰金。