淡水珍珠和海水珍珠（以南珠為例）的養殖技術和結構有所不同。淡水珍珠無核，所有成分都由珍珠質組成，因此淡水珍珠制成的珍珠粉中不存在其它物質混雜。而海水珍珠是有核的，珍珠質僅覆蓋于表面，外圍珍珠質較薄，生長期約1年（淡水珠則可達4至5年）。制成100%的海水珍珠粉需要先去掉內核，成本高且難加工。海水珍珠中僅含少量珍珠質，大部分為貝殼粉，因此藥用或美容效果不如淡水珍珠。由于海水珍珠的產量較低，在市場上價格相對較高，淡水珍珠則產量較高且價格相對較低。